Los investigadores de la Unidad de Biología Molecular del Departamento de I+D+I de Futureco Bioscience han publicado en la revista científica Frontiers in Microbiology su éxito más reciente: el artículo “Diseño de ensayos de qPCR específicos para cepas bacterianas utilizando datos de secuenciación de última generación y recursos disponibles públicamente, y su aplicación para el seguimiento de cepas bacterianas de biocontrol” que se puede consultar aquí. El artículo describe y explica el flujo de trabajo, basado en la secuenciación de última generación (#NGS), con el objetivo de diseñar marcadores para la detección y cuantificación de cepas bacterianas específicas como agentes de biocontrol. El protocolo además está diseñado para minimizar la carga de trabajo de laboratorio y para utilizar herramientas bioinformáticas accesibles a la mayoría de los investigadores.
El flujo de trabajo comienza con los datos NGS de secuenciación del genoma completo y consta de tres etapas: i) Identificación de las secuencias específicas de cada cepa, ii) Diseño de conjuntos de cebadores/sondas específicas para la qPCR, y iii) Verificación empírica del rendimiento de los ensayos. Las dos primeras etapas implican exclusivamente trabajo informático por parte de investigadores con poca o ninguna formación bioinformática ya que los únicos requerimientos específicos previos son conocer las herramientas de la familia BLAST y saber trabajar con hojas de cálculo. Todo el trabajo bioinformático se puede llevar a cabo utilizando recursos disponibles públicamente y un ordenador de sobremesa común (sin importar el sistema operativo) conectado a Internet. El flujo de trabajo descrito se ha verificado en laboratorio con cinco cepas bacterianas de cuatro géneros diferentes en fase de desarrollo en nuestras instalaciones como agentes microbianos de biocontrol. Los ensayos de qPCR se han llevado al cabo con éxito en suelos, aguas y tejidos vegetales de distintas naturalezas. Los límites de detección y la dinámica de la población en las diferentes matrices son comparables a ensayos diseñados por otros medios. En resumen, nuestros científicos han diseñado un nuevo flujo de trabajo accesible, rentable y robusto para obtener un gran número de marcadores específicos a nivel de cepa, para ensayos de qPCR.
