Pesquisadores da Unidade de Biologia Molecular do Departamento de R+D+I da Futureco Bioscience publicaram na revista científica Frontiers in Microbiology seu sucesso mais recente: o artigo “Design de ensaios específicos de qPCR para cepas bacterianas usando dados de sequenciamento de ponta de ponta e recursos públicos, e sua aplicação para o monitoramento de cepas de biocontrole bacteriano”, que pode ser consultado aqui. O artigo descreve e explica o fluxo de trabalho, baseado no sequenciamento de próxima geração (#NGS), com o objetivo de projetar marcadores para a detecção e quantificação de cepas bacterianas específicas como agentes de biocontrole. O protocolo também foi projetado para minimizar a carga de trabalho laboratorial e utilizar ferramentas de bioinformática acessíveis à maioria dos pesquisadores.
O fluxo de trabalho começa com todo o sequenciamento genômico dos dados NGS e consiste em três etapas: i) Identificação de sequências específicas de cepa, ii) Projeto de matrizes específicas de primer/sonda para qPCR, e iii) Verificação empírica do desempenho do ensaio. As duas primeiras etapas envolvem exclusivamente trabalho computacional por pesquisadores com pouca ou nenhuma formação em bioinformática, já que os únicos pré-requisitos específicos são conhecer as ferramentas da família BLAST e saber trabalhar com planilhas. Todo o trabalho de bioinformática pode ser realizado usando recursos públicos e um computador desktop comum (independentemente do sistema operacional) conectado à Internet. O fluxo de trabalho descrito foi verificado em laboratório com cinco cepas bacterianas de quatro gêneros diferentes em desenvolvimento em nossas instalações como agentes de biocontrole microbiano. Testes qPCR foram realizados com sucesso em solos, águas e tecidos vegetais de diferentes naturezas. Os limites da detecção e da dinâmica populacional nas diferentes matrizes são comparáveis aos ensaios projetados por outros meios. Em resumo, nossos cientistas criaram um novo fluxo de trabalho acessível, econômico e robusto para obter um grande número de marcadores específicos de cepa para ensaios qPCR.
